在Windows下，Win.ini文件中的“run=”和“load=”是可能加载“木马”程序的途径，所以必须仔细留心它们。
一般情况下，如果发现后面跟有路径与文件名不是你熟悉的启动文件，或正确的启动文件和路径出现错误，又或者文件后缀和正常的文件后缀不同，这是你必须警惕，你的计算机就可能中“木马”了。例如：“AOLTrojan”，它把自身伪装成command.exe(真正的系统文件为command.com)文件，如果不注意可能不会发现它不是真正的系统启动文件(特别是在Windows窗口下)。
在System.ini文件中，在boot下面有个“shell=文件名”。正确的文件名应该是“explorer.exe”，如果出现其他的情况，那么后面跟着的那个程序很可能就是“木马”程序。注册表中的情况最复杂，通过regedit命令打开注册表编辑器，点击“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”目录下，查看键值中有没有自己不熟悉的自动启动文件，扩展名为EXE。有的“木马”程序生成的文件很像系统自身文件，想通过伪装蒙混过关，如“AcidBatteryv1.0木马”，它将注册表“HKEY-LOCAL-MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下的Explorer键值改为Explorer=“C:Windowsexpiorer.exe”，“木马”程序与真正的Explorer之间只有“i”与“l”的差别。当然在注册表中还有很多地方都可以隐藏“木马”程序，如：“HKEY-CURRENTUSERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”、“HKEY-USERS....SoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”的目录下都有可能，最好的办法就是在“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索即可。
木马查杀
知道了“木马”的工作原理，查杀“木马”就变得很容易，如果发现有“木马”存在，最有效的方法就是马上将计算机与网络断开，防止黑客通过网络对你进行攻击。然后编辑win.ini文件，将Windows下面，“run=“木马”程序”或“load=“木马”程序”更改为“run=”和“load=”;编辑system.ini文件，将BOOT下面的“shell=‘木马’文件”，更改为：“shell=explorer.exe”;在注册表中，用regedit对注册表进行编辑，先在“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索并替换掉“木马”程序，有时候还需注意的是：有的“木马”程序并不是直接将“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下的“木马”键值删除就行了，因为有的“木马”如：BladeRunner“木马”，如果你删除它，“木马”会立即自动加上，你需要的是记下“木马”的名字与目录，然后退回到MS-DOS下，找到此“木马”文件并删除掉。重新启动计算机，然后再到注册表中将所有“木马”文件的键值删除。至此，我们就大功告成了。
发现病毒，无法清除怎么办？
由于某些目录和文件的特殊性，没有办法直接清除，包括安全模式下杀毒等一些方式杀毒，而需要某些特殊手段清除带毒文件。
1、带毒文件在TemporaryInternetFiles目录下。
由于这个目录下的文件，Windows会对此有一定的保护作用(未经证实)。所以对这个目录下的带毒文件即使在安全模式下也不能进行清除，对于这种情况，请先关闭其他一些程序软件，然后打开IE，选择IE工具栏中的"工具""Internet选项"，选择"删除文件"删除即可，如果有提示"删除所有脱机内容"，也请选上一并删除。
2、带毒文件在_Restore目录下，或者SystemVolumeInformation目录下。
这是系统还原存放还原文件的目录，只有在装了WindowsMe/XP操作系统上才会有这个目录，由于系统对这个目录有保护作用。对于这种情况需要先取消"系统还原"功能，然后将带毒文件删除，甚至将整个目录删除也是可以的。关闭系统还原方法。WindowsMe的话，禁用系统还原，DOS下删除。XP关闭系统还原的方法：右键单击“我的电脑”，选“属性”--“系统还原”--在“在所有驱动器上关闭系统还原”前面打勾--按“确定”退出。
3、带毒文件在.rar、.zip、.cab等压缩文件中。
如今对压缩文件查杀的反病毒软件已经相对成熟，但很多反病毒软件对一些加密了的压缩文件就不能很好的清除。要清除压缩文件中的病毒，建议解压缩后清除，或者借助压缩工具软件的外挂杀毒程序的功能，对带毒的压缩文件进行杀毒。但相信随着反病毒软件嵌入杀毒技术的发展，压缩格式的病毒不会对系统产生太大的威胁。
4、病毒在引导区或者SUHDLOG.DAT或SUHDLOG.BAK文件中。
这种病毒一般是引导区病毒，报告的病毒名称一般带有boot、wyx等字样。如果病毒只是存在于移动存储设备，如U盘、移动硬盘上，就可以借助本地硬盘上的反病毒软件直接进行查杀;如果这种病毒是在硬盘上，则需要对引导区进行查杀。此类杀毒如今很多杀毒软件已经提供了引导区杀毒功能，用户可以尝试一下。
对于这类病毒建议用干净软盘启动进行查杀，不过在查杀之前一定要备份原来的引导区，特别是原来装有别的操作系统的情况，如日文Windows、Linux等
5、带毒文件的后缀名是.vir、.kav、.kbk等。
这些文件一般是一些防毒软件对原来带毒的文件做的备份文件，一般情况下，如果确认这些文件已经无用了，那就将这些文件删除即可。
6、带毒文件在一些邮件文件中，如dbx、eml、box等。
有些防毒软件可以直接检查这些邮件文件中的文件是否带毒，但往往不能对这些带毒的文件直接的进行操作，对于一些邮箱中的带毒的信件，可以根据防毒软件提供的信息找到那带毒的信件，删除信件中的附件或者删除该信件;如果是eml、nws一些信件文件带毒，可以用相关的邮件软件打开，确认该信件及其附件，然后删除相关内容。一般有大量的eml、nws的带毒文件的话，都是病毒自动生成的文件，建议都直接删除。
7、文件中有病毒的残留代码。
这种情况比较多见的就是带有CIH、Funlove、宏病毒，包括Word、Excel、Powerpoint和Wordpro等文档中的宏病毒和个别网页病毒的残留代码，通常防毒软件对这些带有病毒残留代码的文件报告的病毒名称后缀通常是int、app等结尾，而且并不常见，如W32/FunLove.app、W32.Funlove.int。一般情况下，这些残留的代码不会影响正常程序的运行，也不会传染，如果需要彻底清除的话，要根据各个病毒的实际情况进行清除。
8、文件错误。
这种情况出现的并不多，通常是某些防毒软件将原来带毒的文件并没有很干净地清除病毒，也没有很好的修复文件，造成文件无法正常使用，同时造成别的防毒软件的误报。这些文件可以直接删除。
9、加密的文件或目录。
对于一些加密了的文件或目录，请在解密后再进行病毒查杀。
10、共享目录。
这里包括两种情况：本地共享目录和网络中远程共享目录(其中也包括映射盘)。遇到本地共享的目录中的带毒文件不能清除的情况，通常是局域网中别的用户在读写这些文件，杀毒的时候表现为无法直接清除这些带毒文件中的病毒，如果是有病毒在对这些目录在写病毒操作，表现为对共享目录进行清除病毒操作后，还是不断有文件被感染或者不断生成病毒文件。以上这两种情况，都建议取消共享，然后针对共享目录进行彻底查杀，恢复共享的时候，注意不要开放太高的权限，并对共享目录加设密码。对远程的共享目录(包括映射盘)查杀病毒的时候，首先要保证本地计算机的操作系统是干净的，同时对共享目录也有最高的读写权限。如果是远程计算机感染病毒的话，建议还是直接在远程计算机进行查杀病毒。特别的，如果在清除别的病毒的时侯都建议取消所有的本地共享，再进行杀毒操作。在平时的使用中，也应注意共享目录的安全性，加设密码，同时，非必要的情况下，不要直接读取远程共享目录中的文件，建议拷贝到本地检查过病毒后再进行操作。
