对于Windows Server 2008 ，微软作出了多项改善措施，尤其是在服务器的基本存储机制方面。
SMB 2.0
SMB 2.0首次面世是在Windows Vista中，名为Common Internet File System (CIFS)，现在包含在Windows Server 2008并具备多项改善。其最收关注的特性为支持symbolic links，这种特征一直以来都是UNIX系统管理员最为钟爱的。同时SMB2.0也支持在一个网络包中发送多重命令，从而大幅降低对于网络带宽的占用。
磁盘加密锁
在Windows Server 2008中包含有BitLocker Drive Encryption（磁盘加密锁）软件。此软件同时也附加在Windows Vista企业版与旗舰版中，但针对Windows Server 2008，微软强化了该软件的技术特性（预计在Vista SP1中也将具备该特性）。完整磁盘加密是将整个Windows磁盘区作运算加密，让非相关人士无法通过从另一个操作系统开机，或用软件攻击破解的方式，来侵入文件和系统保护。 Vista时仅能加密系统分区，Windows Server 2008中加以强化可以给多个分区加密。
自修复NTFS分区
曾几何时，为了运行chkdsk.exe去修正在NTFS分区中一个细小的错误必须重启文件服务器。为了这项工作，你必须预计服务器的重启时间，短则耗时几个小时，但出现意外的话你必须打断用户，因为重启需要耗时一整天。现在，Windows Server 2008具备了NTFS在线修复工具。虽然不是一个万金油，但它确实能够修正许多以往需要运行chkdsk并重启才能解决的问题。自修复NTFS在Windows Server 2008中被默认打开。回首过去，这项功能实在是太实用了。
